Giữa thập niên 1970, Moore dính vào một vụ ẩu đả ở quán bar, để lại một vết sẹo trên mặt ông. Theo Eric Bell kể lại, Moore đang ở cùng bạn gái ở Dingwalls thì gặp hai người đàn ông "bắt đầu xì xào về bạn gái của Gary [...] về những gì họ muốn làm với cô". Sau khi Moore đối mặt với hai người họ để bàn chuyện đó, một trong hai người đàn ông đã đập chiếc chai trong bar và cào vào mặt ông. Vụ việc đã tác động sâu sắc đến ông. Bell kể: "Nó đã thay đổi anh ấy. Rất nhiều sự giận dữ và cảm xúc bị dồn nén sẽ bộc phát trong lối chơi nhạc của anh. Nó còn bộc phát theo những cách khác nữa. Anh ấy phải rất khó khăn mới trở lại từ sau vụ việc ấy." Trong thập niên 1980, ông giấu vết sẹo của mình trong những bức ảnh và video bằng cách nhìn xuống hoặc đứng cách xa khung hình.[30][67]

Moore kết hôn với người vợ đầu Kerry từ năm 1985 đến 1993.[50][68][69] Họ có với nhau hai cậu con trai là Jack (người cũng theo nghiệp nhạc sĩ[70]) và Gus, trước khi ly hôn.[68] Sau đó Moore có một con gái tên Lily (người cũng chọn âm nhạc để bắt đầu sự nghiệp[71]), trong lúc có quan hệ tình ái với Jo Rendle.[68][72] Moore còn có một cô con gái tên Saoirse từ một mối tình khác nữa.[73] Ở thời điểm ông qua đời, Moore cũng đang yêu một người.[74]